孔雀鱼公母鱼有一些明显的外貌特征可以用来区分。公鱼通常比母鱼大，有更鲜艳的色彩和更大的背鳍。母鱼通常比公鱼小，颜色较淡，背鳍较小。此外，公鱼通常有一个非常明显的额头突起，称为“冠状背鳍”，而母鱼没有这样的特征。